Manual
RasMol 2.7.1.1

SSBonds

Sintaxis:  ssbonds {<boleano>}
           ssbonds <valor>

La orden ssbonds se utiliza para representar los puentes disulfuro de la molécula de proteína, bien como líneas punteadas, bien como cilindros entre las cisteínas conectadas. La primera vez que se usa la orden ssbonds, el programa busca la estructura de la proteína con el fin de encontrar pares de semicisteínas (cisteínas cuyos sulfuros estén unos 3 angstróms de la otra) e informa al usuario del número de puentes. La orden ssbonds on visualiza los enlaces escogidos como líneas de puntos y ssbonds off desactiva la visualización de enlaces de azufre en el área seleccionada. La selección de puentes de disulfuro se hace de la misma forma que la de enlaces normales, y podemos ajustarla utilizando la orden set bondmode. El color de los enlaces de disulfuro se puede cambiar con la orden colour ssbonds. Por defecto. cada enlace de disulfuro posee el color de los átomos que están conectados a él.

Por defecto, los enlaces disulfuro se dibujan entre los átomos de sulfuro del grupo cisteína. En vez de esto, con el comando set ssbonds se puede utilizar también la posición de los carbonos alfas de cisteína.

Star

Sintaxis:  star {<booleano>}
           star temperature
           star user
           star <valor>

La orden 'star' se usa para representar todos los átomos actualmente seleccionados como estrellas (seis trazos, uno en cada una de las direcciones x, -x, y, -y, z y -z). El comando 'select not bonded' seguido de 'star 75' se usa para marcar los átomos no unidos en una presentación 'wireframe' con menos sobrecarga que la producida por 'spacefill 75'. Se puede hacer automáticamente para cualquier visualización de tipo wireframe 'set bondmode not bonded'.

La orden 'star true', por defecto, representa cada átomo como una estrella con trazos de longitud igual al radio de van der Waals. El comando 'star off' supreme la visualización en estrellas de los átomos relacionados. La longitud de los trazos de una estrella puede ser especificada mediante un entero en unidades RasMol (1/250 Ångstrom) o un valor conteniendo un punto decimal. Un valor de 500 (2.0 Ångstroms) o mayor produce un error "Parameter value too large".

La opción 'temperature' atribuye a la longitud del trazo de cada estrella el valor almacenado en su campo de temperatura. Valores de cero o negativos no tienen efecto y los valores mayores de 2.0 se trunca a 2.0. La opción 'user' permite especificar la longitud de los trazos de cada estrella mediante líneas adicionales en el archivo PDB empleando las extensiones de grabación Raster 3D's COLOUR.

Este comando de RasMol 'spacefill' puede ser usado para producir presentaciones mas artísticas de átomos y esferas.

Stereo

Sintaxis:  stereo on
           stereo <número>
           stereo off

La orden stereo de RasMol activa una visualización de imágenes estéreo lado con lado. Esta visualización puede conectarse y desconectarse bien mediante el menú de opciones (Options menú) seleccionando Stereo, o bien tecleando la orden stereo on o stereo off. El ángulo de separación entre las dos vistas puede regularse con la orden set stereo [-] <número>, donde los valores positivos producen una visión "bizca" y los negativos "relajada" (ojos en pared). Incluir [-] <número> en la orden stereo, como por ejerplo en stereo 3 o stereo -5, también permite controlar el ángulo y dirección.

El comando estéreo solo está parcialmente implementado. Cuando se activa la imagen estéreo no queda bien centrada. (Esto se puede arreglar con translate x -<número>.) Tampoco está soportada en el vector de archivos de salida PostScript, no es salvada por la orden write script, y en general no esta bien intercomunicadas con diversas otras funciones del programa.

Strands

Sintaxis:  strands {<booleano>}
           strands <valor>

La orden de RasMol strands visualiza la proteína o ácido nucleico con que trabajamos como una "cinta" lisa curvada "depth-cued" que pasa a lo largo del eje de la proteína. La cinta está compuesta de una serie de filamentos que corren paralelos entre sí a lo largo del plano peptídico de cada residuo. La cinta aparece dibujada entre aquellos aminoácidos cuyo carbono alfa haya sido seleccionado. La orden colour ribbon cambia el color de la cinta. Si el color de la cinta con la que trabajamos es (el inicial) none (ninguno), adopta el color del carbono alfa con el que se encuentre en su recorrido longitud. El filamento central y aquél que se encuentra en la parte más externa se pueden colorear independientemente con las órdenes colour ribbon1 y colour ribbon2, respectivamente. La orden set strands altera el número de filamentos de la cinta.

El parámetro opcional determina la anchura de la cinta en cada posición en unidades RasMol. Por defecto, la cinta adquiere una anchura extraída de la estructura secundaria de la proteína o de un valor constante de 720 para ácidos nucleicos (lo cual significa una anchura de 2,88 angstróms). La anchura inicial de las hélices alfas de proteína y de las hojas plegadas beta es de 380 (1,52 angstróms) y 100 (0.4 angstróms) para giros y espirales. La asignación de la estructura secundaria procede del archivo PDB o se calcula utilizando el algoritmo DSSP como ocurre con la orden structure. Esta orden es parecida a ribbons que representa la cinta biomolecular como una superficie sombreada lisa.

Structure

Sintaxis:   structure

La orden structure calcula las asignaciones de estructura secundaria para la proteína cargada. Si el archivo original PDB contenía registros de asignaciones estructurales (HÉLICE y HOJA PLEGADA), éstas se descartan. En primer lugar se localizan los enlaces de hidrógenos de la molécula, en caso de que no se hubiera hecho previamente. La estructura secundaria es determinada a través de los algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Una vez finalizado, el programa informa del número de hélices, filamentos y giros encontrados.

Trace

Sintaxis:  trace {<booleano>}
           trace 
           trace temperature

La orden de RasMol trace visualiza una línea lisa entre dos carbonos alfa consecutivos. Esta línea no pasa exactamente a través de la posición del carbono alfa de cada residuo, sino que sigue la misma vía de ribbons, strands, y cartoons. Advierta que cada residuo puede ser visualizado como "ribbon", "strands", "cartoon" o trace, y activando una de esas representaciones se inactivan las otras. Sin embargo, un residuo puede visualizarse simultáneamente como backbone y una de las representaciones anteriores [aunque esto podría cambiar en versiones futuras de RasMol]. [Antes de la versión 2.6, trace era sinónimo de backbone.]

Translate

La orden de RasMol trace visualiza una línea lisa entre dos carbonos alfa consecutivos. Esta línea no pasa exactamente a través de la posición del carbono alfa de cada residuo, sino que sigue la misma vía de ribbons, strands, y cartoons. Advierta que cada residuo puede ser visualizado como "ribbon", "strands", "cartoon" o trace, y activando una de esas representaciones se inactivan las otras. Sin embargo, un residuo puede visualizarse simultáneamente como backbone y una de las representaciones anteriores [aunque esto podría cambiar en versiones futuras de RasMol]. [Antes de la versión 2.6, trace era sinónimo de backbone.]

Wireframe

Sintaxis:  wireframe {<booleano>}
           wireframe <valor>
           wireframe dashed

La orden de RasMol 'wireframe' representa cada enlace de la región seleccionada de la molécula como un cilindro, una línea o un vector con sensación de profundidad. La visualización como un vector (dibujado mas oscuro cuanto mas lejano del quien mira) se activa por medio del comando 'wireframe' o 'wireframe on'. Los enlaces seleccionados se visualizan como cilindros cuyo radio se puede especificar bien como un entero, lo que significa unidades o con un decimal, lo que significa Ångstroms. Un valor para el parámetro de 500 (2.0 Ångstroms) o mayor produce un mensaje de error "Parameter value too large". Los enlaces pueden ser coloreados con la orden 'colour bonds'.

Los átomos sin enlaces, que podrían resultar invisibles con una orden 'wireframe', pueden marcarse previamente con un 'set bondmode not bonded'. Si enlaces "cuasi lineales" dificultaran la visualización, el comando 'set bondmode all' añade marcadores para todos los 'all' (todos) los átomos cuando ejecutemos después el comando 'wireframe'.

Write

Sintaxis: write {<formato>} <nombre de archivo

Copia la imagen en un archivo en un formato de exportación estándar. Los formatos de archivos de imágenes actualmente disponibles son: 'bmp' (Microsoft bitmap) y 'gif' (Compuserve GIF), 'iris' (IRIS RGB), 'ppm' (Portable Pixmap), 'ras' (Sun rasterfile), 'ps' y 'epsf' (Encapsulated PostScript), 'monops' (Monochrome Encapsulated PostScript), 'pict' (Apple PICT), 'vectps' (Vector Postscript). La orden 'write' puede usarse también para generar guiones de órdenes (scripts) para otros programas gráficos. El formato 'script' produce un archivo del tipo 'script' de RasMol que incluye las órdenes dadas hasta llegar a producir la imagen actual. El formato 'molscript' hace lo mismo para producir la molécula actual en la forma de cintas (ribbons) en el programa de Per Kraulis Molscript y el formato 'kinemage' almacena los comandos de Mage, de David Richardson. Los siguientes formatos pueden usarse con otros programas:: 'povray' (POVRay 2), 'povray3' (POVRay 3 -- en desarrollo), 'vrml' (archivos VRML). Finalmente, se han previsto formatos para almacenar datos phi-psi para ser listados o para la orden 'phipsi' (los datos phi-psi en forma de lista anotada, que contiene también los ángulos cis omega), 'ramachan' y 'RDF' y 'RamachandranDataFile' (los datos phi-psi se presentan como columnas de números para gnuplot), 'RPP' y 'RamachandranPrinterPlot' (datos phi-psi para un dibujo de impresora).

LA diferencia entre este comando y 'save' se ha eliminado. La única que resta es que por defecto, si no se introduce especificador de formato 'save' genera un archivo 'PDB' y 'write' una imagen 'GIF'.

Zap

Sintaxis:  zap

Sintaxis:  zoom {<booleano>}
           zoom <valor>

Parámetros Internos

RasMol posee un cierto número de parámetros internos que pueden ser modificados usando la orden set. Estos parámetros controlan un cierto número de opciones del programa como las opciones de presentación y el mapa de botones del ratón.

Una lista completa de nombres de parámetros internos se da bajo la orden set.

Sintaxis:  set ambient {<valor>}

El parámetro ambient de RasMol se usa para controlar la intensidad de la luz de fondo en la pantalla. El valor de ambient debe estar comprendido entre 0 y 100; este valor se encarga de controlar la intensidad, en porcentaje, de la sombra más oscura de un objeto. En el caso de que el objeto sea opaco, este valor es la intensidad de las superficies que estén fuera de la fuente de luz o a la sombra. Para objetos con profundidad (depth-cued) es la intensidad de los objetos más alejados del observador.

Sintaxis:  set axes <booleano>
           

El parámetro de RasMol axes controla la visualización de los ejes de coordinadas ortogonales en la representación actual. Los ejes coordinados son aquellos utilizados en el archivo de datos de la molécula y el origen es el centro de la caja de unión de la molécula. La orden set axes es parecida a set boundbox y set unitcell, que visualizan la caja de unión y la celda unidad cristalográfica respectivamente.

Set Backfade

Sintaxis:  set backfade <booleano>

Set Background

Sintaxis:  set background {<color>}

El parámetro de RasMol background se utiliza para establecer el color del fondo. Puede especificarse el color con el nombre correspondiente, o bien por medio de componentes tripletes de Rojo, Verde y Azul (RVA) separados por comas y delimitados por corchetes. Help colours proporciona una lista de los nombres de colores predefinidos y reconocidos por RasMol. Si se utiliza X Windows, RasMol es capaz de reconocer aquellos colores que se encuentran en la base de datos de nombres de colores del servidor X.

Las órdenes set background y background son sinónimas.

Set BondMode

Sintaxis:  set bondmode and
           set bondmode or
           set bondmode all
           set bondmode none
           set bondmode not bonded

La orden de RasMol set bondmode controla el mecanismo utilizado para seleccionar enlaces individuales y modifica la visualización de los átomos unidos o no unidos en una ejecución subsecuente de la orden 'wireframe'.

La orden de RasMol set bondmode controla el mecanismo utilizado para seleccionar enlaces individuales. Al utilizar las órdenes select y restrict se selecciona un determinado enlace si a) el modo de enlace es or cualquiera de los átomos conectados es seleccionados; o b) si el modo de enlace es and los dos átomos conectados por el enlace son seleccionados. Por lo tanto, se puede seleccionar un enlace dado identificado con la orden "set bondmode and" y luego seleccionando únicamente los átomos a ambos extremos.

El comando 'bondmode [all | none | not bonded]' añade los marcadores 'star 75' o 'spacefill 75' a los átomos designados para una visualización 'wireframe'. La presentación en forma de estrellas (Stars) se puede usar cuando el radio especificado en cero.

Set Bonds

Sintaxis:  set bonds <booleano>

La orden RasMol set bonds controla la visualización de enlaces dobles y triples como líneas o cilindros múltiples. Actualmente esta orden solo puede ser leída en archivos de formatos MDL Mol, Sybyl Mol2, Tripos Alchemy CIF y mmCIF y algunos PDB. Los enlaces dobles (y triples) se especifican en algunos archivos PDB especificando un enlace dos o tres veces en registros CONECT. El comando "set bonds on" activa la visualización de la orden bond, y las órdenes "set bonds off" y "set bonds off" la desactiva.

Set BoundBox

Sintaxis:  set boundbox <booleano>

El parámetro boundbox de RasMol controla la visualización de las cajas de unión de la molécula en cuestión. La caja de unión es ortogonal a los ejes coordinados originales del archivo de datos. La orden set boundbox es parecida a set axes y set unitcell; éstas últimas visualizan ejes de coordenadas ortogonales y la celda unidad respectivamente.

Set Cartoon

Sintaxis:  set cartoon {<booleano>}
           set cartoon {<número>}

Por defecto, el extremo C -terminal de las hojas beta se visualiza como cabeza de flecha. Podemos activar o desactivar usando la orden set cartoons. La profundidad del dibujo puede ser ajustada usando el comando set cartoons. La orden set cartoons sin parámetros devuelve las opciones a sus valores por defecto.

Set CisAngle

Sintaxis:  set cisangle {<valor>}

El parámetro de RasMol 'cisangle' controla el ángulo de corte que identifica enlaces peptídicos cis. Si no se le atribuye valor, defectivamente ajusta a 90 grados.

Set Display

Sintaxis:  set display selected
           set display normal

Esta orden controla el modo de visualización en RasMol. Por defecto, set display normal, visualiza la molécula en la representación especificada por el usuario. La orden set display selected cambia el modo de visualización de tal manera que la molécula aparece temporalmente dibujada para indicar su parte seleccionada. El esquema de color especificado por el usuario y la representación permanecen inalterados. En esta representación los átomos seleccionados aparecen en amarillo, mientras que los no seleccionados en azul. El color de fondo pasa a ser gris oscuro para indicar el cambio en el modo de visualización. En la mayoría de los casos, esta orden es únicamente utilizada por Interfaces Gráficos del Usuario externos (GUIs).

Sintaxis:  set fontsize {<valor>} { FS | PS }

La orden de RasMol 'set fontsize' se emplea para controlar el tamaño de los caracteres en las etiquetas atómicas. Este valor corresponde a la altura del carácter en pixeles. El valor máximo de 'fontsize' es 48 pixeles, y el valor por defecto 8 pixeles de altura. Se puede seleccionar espaciado fijo o proporcional añadiendo los modificadores "FS" o "PS", respectivamente. Por defecto se activa "FS". Para visualizar las etiquetas en la pantalla use el comando de RasMol 'label' y para cambiar el color de visualización de las etiquetas, use 'colour labels'.

Set FontStroke

Sintaxis:  set fontstroke {<valor>}

La orden de RasMol 'set fontstroke' se usa pata controlar el tamaño del ancho de trazo de los caracteres de las etiquetas de átomos. Este valor asigna el radio, en pixeles, de los cilindros usados para formar los trazos. El valor especial "0" es el defectivo para el normal ancho de un pixel, que permite rotaciones y dibujos rápidos. Valores distintos de cero se emplean para permitir formas más artísticas para publicaciones a expensas de tiempo extra para la obtención de la imagen.

Cuando se desee un mayor ancho de trazo, se recomienda una mayor fuente, e.g. usando la orden de RasMol 'set fontsize 24 PS', seguida de 'set fontstroke 2'

Para visualizar etiquetas de átomos en pantalla use la orden de RasMol 'label', y para cambiar el color el comando 'colour labels'.

Set HBonds

Sintaxis:  set hbonds backbone
           set hbonds sidechain

El parámetro de RasMol hbonds determina si los enlaces de hidrógeno se trazan entre los átomos donantes y aceptantes del enlace de hidrógeno (set hbonds sidechain), entre los átomos de carbonos alfa del eje de la proteína, (set hbonds backbone), o entre los átomos de fósforo del eje del ácido nucleico (set hbonds backbone). La orden hbonds controla la visualización real de los enlaces de hidrógeno. El trazado de enlaces de hidrógeno entre los carbonos alfa de proteína o los átomos de fósforo de los ácidos nucleicos resulta útil cuando el resto de la molécula es representada esquemáticamente, con los modelos "backbone (eje), ribbons ("cintas") o strands. ("filamentos"). Este parámetro es parecido a ssbonds.

Sintaxis:  set hetero <booleano>

El parámetro hetero sirve para modificar el funcionamiento preestablecido de la orden select de RasMol, esto es, el funcionamiento de select sin ningún parámetro. Cuando este valor es falso, false, el grupo por defecto de select no incluye ningún átomo heterogéneo (vease hetero). Cuando este valor es verdadero, true, el grupo por defecto select puede contener átomos hetero. Este parámetro es parecido a hydrogen, que determina si los átomos de hidrógeno deberían incluirse en el grupo de átomos por defecto.

Set HourGlass

Sintaxis:  set hourglass <booleano>

Este parámetro hourglass sirve para que el usuario pueda activar o desactivar el uso del cursor "reloj de arena", utilizado por RasMol para indicar que el programa en esos momentos está ocupado configurando el siguiente marco. La orden set hourglass on activa el indicador; mientras que set hourglass off impide a RasMol cambiar el cursor. Esto resulta especialmente útil al girar a molécula, ejecutar una secuencia de órdenes desde un archivo de texto (script) o al utilizar la comunicación entre procesos para ejecutar secuencias complejas de órdenes. En éste caso un cursor parpadeante podría distraer la atención.

Set Hydrogen

Sintaxis:  set hydrogen <booleano>

Este parámetro hydrogen modifica el comportamiento por defecto de la orden select, es decir el comportamiento de select sin ningún parámetro. Si este valor es "falso" (false), la región por defecto de select no incluye ningún átomo de hidrógeno o deuterio (sino que se refiere al grupo predefinido "hidrógeno" -hydrogen-). Si el valor del es "verdadero" ("true"), la región por defecto de select puede contener átomos de hidrógeno. Este parámetro es parecido a hetero, que determina si los átomos heterogéneos deberían ser incluidos en el grupo inicial. Si el valor de los dos parámetros (hydrogen y hetero) es verdadero, select equivale a select all.

Set Kinemage

Sintaxis:  set kinemage <booleano>

La orden de RasMol set kinemage controla la cantidad de detalles almacenados en un archivo de salida Kinemage, creado por la orden write kinemage Los archivos de salida kinemage están pensados para que el programa Mage de David Richardson los visualice. set kinemage false, la orden preestablecida, sólo almacena en el archivo de salida de datos generados la representación que está siendo visualizada en ese momento. La orden set kinemage true genera un Kinemage más complejo que contiene tanto las representaciones de alambre y de backbone, como los ejes coordinados, la caja de unión y la célula unidad del cristal.

Set Menús

Sintaxis:  set menús <booleano>

La orden set menús activa la barra o botones del menú sobre el fondo de la pantalla. Por lo general, únicamente hacen uso de esta orden los Interfaces Gráficos de Usuario. En Microsoft Windows, esta orden se utiliza para crear imágenes lo más grandes posibles.

Set Monitor

Sintaxis:  set monitor <booleano>

Las etiquetas de monitor a distancia distance monitor labels pueden ser anuladas con la orden set monitors off, y restablecidas con la orden set monitors on.

Sintaxis:  set mouse rasmol
           set mouse insight
           set mouse quanta

La orden set mouse ajusta los enlaces de rotación, desplazamiento, escalado y zoom del ratón. El valor inicial es rasmol que es adecuado para ratones de dos botones (en los ratones de dos botones, el segundo y el tercer botón son sinónimos). El primer botón controla las rotaciones X-Y, y el segundo los desplazamientos X-Y. Al pulsar una tecla modificadora se controlan funciones adicionales: Techa de desplazamiento [Shift] y el primer botón escala. Desplazamiento [Shift] y el segundo botón produce rotaciones sobre el eje Z.[Control] y el primer botón del ratón controla el plano de corte. insight y quanta producen los mismos efectos que el de esos paquetes, para usuarios experimentados.

Set Picking

Sintaxis:  set picking <booleano>
           set picking off
           set picking none
           set picking ident
           set picking distance
           set picking monitor
           set picking angle
           set picking torsion
           set picking label
           set picking centre
           set picking center
           set picking coord

Activando/Desactivando Atom Picking. Clicar sobre un átomo con el ratón produce la identificación y visualización del nombre del grupo (o residuo), número del grupo, nombre del átomo, numero de serie del átomo y cadena en la ventana de órdenes. Esta conducta se desactiva con la orden set picking none y se restaura con set picking ident. La orden 'set picking coord' añade las coordenadas atómicas del atom que se visualiza.

Desactivar el picado usando set picking off es útil cuando efectuamos una pausa con la orden 'pause' en los script de RasMol ya que previene la aparición de mensajes espurios en la ventana de comandos mientras el script esta suspendido.

Midiendo Distancias, Angulos y Torsiones. Se pueden medir interactívamente distancias, ángulos y torsiones usando los comandos: 'set picking distance', 'set picking monitor', 'set picking angle' y 'set picking torsion', respectivamente. . En estos modos, clicar sobre un átomo resulta en que esta sea identificado. Además cada átomo picado incrementa un módulo contador tal que en modo de distancia se visualiza la distancia entre ese y un segundo átomo, y siempre así. En modo angular, cada tercer ángulo picado visualiza el ángulo entre los tres átomos picados anteriormente, y en modo torsión cada cuarto ángulo picado produce la visualización del ángulo de torsión entre los cuatro. Pulsando la tecla de desplazamiento (shift) mientras picamos sobre un átomo, este módulo contador no se incrementa, por lo que podemos medir distancias de otra forma. Véase el comando 'monitor' para saber como controlar las líneas y etiquetas del monitor de distancia.

Marcando átomos con el ratón. El ratón puede ser usado también para obtener información en forma de etiqueta de un átomo dado. La orden de RasMol set picking label elimina la etiqueta de un átomo picado si la tenía, o la visualiza si no la tenía.

Set Radius

Sintaxis:  set radius {<valor>}

La orden de RasMol set radius se utiliza para alterar el comportamiento de la orden dots dependiente del valor del parámetro solvent. Cuando el parámetro solvent es "verdadero" (true), el parámetro radius controla la posibilidad de que la orden dots genere una superficie Van der Waal verdadera. Si el valor de radius no es cero, éste se utiliza como el radio de cada átomo en lugar de su valor VdW verdadero. Cuando el valor de solvent es verdadero (true), este parámetro determina el radio para el disolvente de "la esfera de prueba" (`probe sphere'). El parámetro se puede especificar en unidades rasmol enteras o en decimales en unidades angstróms. El valor por defecto de este parámetro es determinado por el valor de solvent; y cambiando solvent se reestablece radius en su nuevo valor inicial.

Set Shadow

Sintaxis:  set shadow <booleano>

La orden de RasMol set shadow activa y desactiva el trazado de rayos de la imagen representada, lo que produce sombras. Hasta ahora, sólo la representación Spacefilling puede ser sombreada o emitir sombras. La capacidad de emisión de sombras desactivará automáticamente el plano que corta el eje Z utilizando la orden slab off. El trazado de rayos dura aproximadamente 10 segundos en una proteína de tamaño medio. Se recomienda que el proceso de sombrear sea desactivado mientras que se manipula o transforma la molécula y que se active únicamente una vez que se haya seleccionado un perspectiva apropiada, con el fin de proporcionar una mayor sensación de profundidad.

Set SlabMode

Sintaxis:  set slabmode <parámetro>

El parámetro de RasMol slabmode controla el método de representación de los objetos cortados por el plano que corta el eje Z. Parámetros válidos de slabmode son "reject", "half", "hollow", "solid" y "section".

Set Solvent

Sintaxis:  set solvent <booleano>

La orden de RasMol set solvent controla el comportamiento de la orden dots. Dependiendo del valor del parámetro solvent, la orden dots genera bien una superficie Van der Waal o una superficie accesible al soluto alrededor del grupo de átomos seleccionados. Al cambiar este parámetro se recoloca el valor del parámetro "radius". La orden set solvent false, el valor inicial, indica que deberíamos generar una superficie VdW y reestablecer el valor de radius a cero. La orden set solvent true indica que un disolvente accesible a la superficie de "Connolly" o "Richards" debería ser dibujado y establecer el parámetro radius, el radio disolvente, a 1, 2 angstróms (o 300 unidades rasmol).

Sintaxis:  set specular <booleano>

La orden de RasMol set specular activa y desactiva la visualización de reflejos luminosos sobre aquellos objetos opacos dibujados por RasMol. Los haces de luces especulares aparecen como reflejos blancos de la fuente de luz sobre la superficie del objeto. La aplicación actual de RasMol utiliza una función de aproximación para generar este haz de luz.

El coeficiente de reflexión especular puede alterar los haces de luces especulares sobre la superficie de objetos opacos; dicho coeficiente se puede modificar con la orden set specpower.

Set SpecPower

Sintaxis:  set specpower {<valor>}

El parámetro specpower determina el brillo de los objetos sólidos representados por RasMol. Este valor, entre 0 y 100, ajusta el coeficiente de reflexión utilizado en los cálculos de haces de luces especulares. La orden set specular activa y desactiva estos haces de luces especulares. Los valores comprendidos entre 20 y 30 dan lugar a superficies con apariencia de plástico. Los valores altos (20 o 30) crean superficies más brillantes, como metales; mientras que los más bajos producen superficies más difusas u oscuras.

Set SSBonds

Sintaxis:  set ssbonds backbone
           set ssbonds sidechain

El parámetro de RasMol ssbonds determina si se dibujan los puentes de disulfuro entre los átomos de azufre de la cadena lateral (lo preestablecido) o entre los átomos de carbono alfa en el eje de los residuos de cisteína. La orden ssbonds controla la visualización actual de puentes de disulfuro. El dibujar puentes de disulfuro entre los carbonos alfas resulta útil cuando el resto de la proteína aparece representada esquemáticamente en "eje" (backbone) ,"cintas" (ribbons), o "filamentos" (strands). Este parámetro es parecido a hbonds.

Set Stereo

Sintaxis:  set stereo <booleano>
         set stereo [-] <número>

El parámetro de RasMol set stereo controla la separación entre las imágenes izquierda y derecha. Activar y desactivar estéreo no reposiciona el centro de la molécula.

La visión estéreo de una molécula puede ser activada (y desactivada) bien seleccionando 'Stereo' en el menú 'Options', o bien tecleando las órdenes 'stereo on' o 'stereo off'.

El ángulo de separación entre las dos vistas puede ser ajustado con la orden set stereo [-] <number>, donde los valores positivos representan visión relajada y negativos ojos cruzados. Actualmente, la visión estéreo no está implementada para los archivos de salida 'vector PostScript'.

Set Strands

Sintaxis:  set strands {<valor>}

El parámetro de RasMol strands controla el número de filamentos paralelos que se visualizan en las representaciones en "cintas" ("ribbons") de las proteínas. Los valores permitidos para este parámetro son 1, 2, 3, 4, 5 y 9. El valor inicial es 5. En todas las cintas visualizadas, el número de filamentos es constante. No obstante, la anchura de la cinta (la separación entre los filamentos) sobre un residuo se puede controlar a través de una base de residuo con el comando ribbons.

Set Transparent

Sintaxis:  set transparent <booleano>

El parámetro interno de RasMol 'transparent' controla la escritura de imagenes GIFs transparentes con el commando 'write gif <nombre de archivo>'. Esto se maneja mediante las órdenes 'set transparent on' y 'set transparent off'.

Set UnitCell

Sintaxis:  set unitcell <booleano>

El parámetro unitcell controla la visualización de la célula unidad cristalográfica. La célula del cristal se activa únicamente si la información apropiada sobre la simetría de cristal se encuentra en el archivo PDB. La orden show symmetry visualiza detalles de los grupos espaciales y los ejes de las células de unidad cristalográfica. La orden set unitcell es parecida a las órdenes set axes y set boundbox que visualizan ejes coordinados ortogonales y la caja de unión respectivamente.

Set VectPS

Sintaxis:  set vectps <booleano>

El parámetro vectps controla la forma en que la orden write genera archivos de salida vectoriales . La orden set vectps on activa el uso de perfiles negros alrededor de las esferas y enlaces de cilindro con lo cual se produce un resultado de alta resolución, similar al conseguido en los "dibujos animados". No obstante, la actual aplicación de RasMol ilustra incorrectamente esferas intersectadas, a su vez, por más de una esfera. Por lo tanto, los modelos "ball and stick" son representados correctamente pero no los modelos de esferas spacefilling. set vectps off desactiva, por defecto, los perfiles negros.

Set Write

Sintaxis:  set write <booleano>

La ordén de RasMol set write activa (y desactiva) el uso de 'save' y 'write' de los guiones (scripts), pero solo puede ser ejecutada desde la línea de comandos. Por defecto, su valor es 'false', prohibiendo la producción de archivos en cualquier script ejecutado al arrancar (como aquellos cargados de un navegante WWW). Sin embargo, se puede arrancar RasMol interactívamente: Teclee 'set write on' y entonces ejecute un script para generar cada uno de los marcos (frames) empleando la orden source.

Expresiones atómicas

Las expresiones de átomos RasMol solo identifican, arbitrariamente, un grupo de átomos dentro de una molécula. Las expresiones de átomos se componen de expresiones primitivas, conjuntos predefinidos, operadores de comparación, expresiones internas (within), o combinaciones lógicas (booleanas) de los tipos de expresiones arriba mencionadas.

Los operadores ógicos hacen posible búsquedas complejas a partir de búsquedas simples utilizando los conectores booleanos estándares and, or y not, que pueden ser abreviados por los siguientes símbolos: "&", "|", y "!", respectivamente. Los paréntesis pueden emplearse para alterar la precedencia de los operadores. Es conveniente utilizar una coma para la disyunción booleana.

Para cada átomo se evalúa la expresión de átomo, por tanto protein and backbone selecciona átomos del eje de la proteína, y, no los átomos de eje de proteínas y ácidos nucleicos.

Ejemplos:    backbone and not helix
             within( 8.0, ser70 )
             not (hydrogen or hetero)
             not *.FE and hetero
             8, 12, 16, 20-28
             arg, his, lys

• Expresiones primitivas
• Pajustes (set) predefined
• Operadores comparativos
• Expresiones "en" (within)
• Ejemplos

Expresiones de ejemplo

    Expresión      Interpretación

    *               Todos los átomos
    cys             átomos de cisteínas
    hoh             átomos heterogéneos o moléculas de agua
    as?             átomos de asparagina o ácido aspártico
    *120            átomos en el residuo 120 de todas las cadenas
    *p              átomos en la cadena P
    *.n?            átomos de nitrogeno
    cys.sg          átomos de azufre en residuos de cisteina
    ser70.c?        átomos de carbono en la serina 70
    hem*p.fe        átomos de hierro en los grupos hemo de la cadena P
    *.*;A           Todos los átomos en comformación alternativa A
    */4             Todos átomos del modelo 4

Expresiones Primitivas

Las expresiones primitivas de RasMol son los pilares fundamentales de las expresiones de átomos. Hay dos tipos de expresiones primitivas. El primero, sirve para identificar el número de un residuo determinado o una gama de números de residuos. Un único residuo se identifica por su número (posición en la secuencia), mientras que una gama por un límite superior e inferior separados por un guión. Por ejemplo select 5,6,7,8 es lo mismo que select 5-8. Nótese que así se seleccionan los números de residuos determinados en todas las cadenas de la macromolécula.

El segundo tipo de expresiones primitivas especifica una secuencia de campos que deben corresponder a un átomo dado. La primera parte especifica un residuo (o grupo de residuos) y una segunda parte opcional especifica los átomos dentro de esos residuos. La primera parte consiste en un nombre de residuo seguido, opcionalmente, de un número de residuo y/o de un identificador de cadena. Un residuo consta típicamente de hasta 3 caracteres alfabéticos, caso insensibles. Así las expresiones primitivas 'SER' y 'ser' son equivalentes, identificando a todos los residuos serina. Los nombres de residuos que contengan caracteres no alfabéticos, como p. e. los grupos fosfato, pueden ser delimitados entre corchetes, i.e. '[SO4]'.

El identificador de cadena es típicamente un único carácter alfabético caso-insensible, o bien un carácter numérico. Los identificadores de cadena de tipo numérico deben separarse de los números de residuo e identificarse mediante un signo de dos puntos. Por ejemplo: SER70A para el identificador alfabético de cadena, "A", o "SER70:1" para un identificador numérico de cadena, "1".

Un asterisco se usa como comodín para un campo completo, mientras que una interrogación de cierre es un comodín de un solo carácter,

Las propiedades del átomo que se pueden utilizar en RasMol son atomno, para el número de serie del átomo, elemno para el número atómico del átomo (elemento), resno, para el número de residuo, radius, para el radio spacefill en unidades RasMol (o cero si no se representa como una esfera) y temperature, para el valor anisótropo de temperatura en PDB.

El operador de igualdad es indicado como "=" o como "=="; El de desigualdad como "<>", "!=" o "/=". Los operadores de orden son "<" para "menor que", "<=" para "menor o igual que"; ">" para "mayor que" y ">=" para "mayor o igual que".

Elemplos:    resno < 23
                  temperature >= 900
                  atomno == 487

Una expresión within (en) permite seleccionar átomos en la proximidad de otros átomos. Una expresión within toma dos parámetros rodeados por un paréntesis. El primero es un valor entero llamado distancia de corte "cut-off" de la expresión en (within) y el segundo argumento es cualquier expresión atómica válida. La distancia de corte se representa como un entero en unidades Rasmol, o en amstromg conteniendo un número decimal. Un átomo es seleccionado si se encuentra en la distancia de corte de los átomos definidos en el segundo argumento. Esto permite expresiones complejas usando expresiones within anidadas.

Por ejemplo, la orden select within (3.2,backbone) selecciona cualquier átomo en un radio de 3.2 Angstrom a partir de cualquier átomo en el esqueleto (backbone) de una proteína o ácido nucleico. Las expresiones within son particularmente útiles para seleccionar átomos alrededor de un sitio activo.

Conjuntos predefinidos

Las expresiones de átomos RasMol pueden incluir grupos predefinidos. Estos grupos consisten en claves que representan algunas regiones de la molécula que nos ocupa. Con frecuencia, los grupos predefinidos son abreviaciones de expresiones de átomos primitivas, y en otros casos, de áreas que se seleccionan de una molécula que de otra manera no podrían ser distinguidas. A continuación aparece una lista de los grupos predefinidos. Además, RasMol trata los nombres de elementos (y sus plurales) como grupos predefinidos que contienen todos los átomos de dicho tipo de elemento; es decir, la orden select oxygen equivale a la orden select elemno=8..

    AT              Acidic          Acyclic
    Aliphatic       Alpha           Amino
    Aromatic        Backbone        Basic
    Bonded          Buried          CG
    Charged         Cyclic          Cystine
    Helix           Hetero          Hydrogen
    Hydrophobic     Ions            Large
    Ligand          Medium          Neutral
    Nucleic         Polar           Protein
    Purine          Pyrimidine      Selected
    Sheet           Sidechain       Small
    Solvent         Surface         Turn
    Water

AT Set

Este grupo contiene los átomos de la adenosina de nucleótidos complementaria y de la timidina (A y T respectivamente). Todos los nucleótidos son clasificados bien como del grupo at, o bien, como del grupo cg. Este grupo es equivalente a las expresiones de átomos de RasMol "a,t" y "nucleic and not cg".

Acidic Set

Este es el grupo de los aminoácidos ácidos; son los tipos de residuos Asp y Glu. Todos los aminoácidos se clasifican como acidic (ácido). basic (básic") o neutral. (neutro). Este grupo es equivalente a las expresiones de átomos RasMol "asp, glu" y "amino and not (basic or neutral)".

Acyclic Set

Se refiere al grupo de aminoácidos que no contienen un ciclo o anillo. Los aminoácidos son clasificados como cyclic o acyclic. Este grupo es equivalente a la expresión de átomo RasMol "amino and not cyclic".

Aliphatic Set

Este es el conjunto de los aminoácidos alifáticos. Es decir Ala, Gly, Ile, Leu y Val. Este conjunto (set) es equivalente a la expresión atómica de RasMol "ala, gly, ile, leu, val"

Alpha Set

El conjunto de los carbonos alfa en la molécula de la proteína. Equivale aproximadamente a la expresión atómica de RasMol "*.CA" Este comando no debe ser confundido con el conjunto predefinido helix que contiene los átomos de los aminoácidos en las alfa hélices.

Amino Set

Aromatic Set

Se refiere al grupo de átomos en los aminoácidos que contienen anillos aromáticos. Son los siguientes: His, Phe, Trp y Tyr. Al tener anillos aromáticos, todos los miembros de este grupo pertenecen al grupo predefinido cyclic. Este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "his, phe, trp, tyr" y "cyclic and not pro".

Backbone Set

Este grupo contiene los cuatro átomos de cada aminoácido que forman el eje polipéptido N-C-C-O de las proteínas y los átomos del eje de fosfoazúcar de los ácidos nucleicos. Los grupos predefinidos RasMol protein y nucleic diferencian entre los dos posibles ejes. Los átomos en los ácidos nucleicos y en las proteínas son backbone or sidechain. Este grupo es equivalente a la expresión de átomo RasMol "(protein or nucleic) and not sidechain"

El grupo predefinido mainchain es sinónimo del grupo backbone.

Basic Set

El conjunto de los aminoácidos básicos: Los residuos de Arg, His and Lys. Todos los aminoácidos se clasifican como. acidic, (ácidos) basic (básicos) neutral (neutros). Este conjunto es equivalente e las expresiones atómicas de RasMol "arg, his, lys" y "amino and not (acidic or neutral)"

Bonded Set

Buried Set

Este conjunto contiene a los átomos de aquellos aminoácidos que tienden a estar incluidos en el interior de la proteína, lejos del contacto con las moléculas del disolvente. Este conjunto se refiere a la preferencia de los aminoácidos, y no a su situación en la molécula concreta. Todos los aminoácidos son así clasificados en surface or buried. Este conjunto es equivalente a la expresión atómica de RasMol "amino and not surface", o "ala, leu, val, ile, phe, cys, met, trp", o "(hydrophobic and not pro) or cys".

CG Set

Este conjunto contiene los átomos presentes en los nucleótidos complementarios citidina y guanina (C y G respectivamente). Todos los nucleótidos se clasifican como conjunto at o conjunto cg Este grupo es equivalente a las expresiones atómicas de RasMol "c,g" y "nucleic and not at"

Charged Set

Este conjunto contiene a los aminoácidos con carga. Estos aminoácidos pueden ser acidic (ácidos) o basic (básicos). Los aminoácidos resultan clasificados en charged (cargados) o neutral (neutros). Este conjunto es equivalente a las expresiones atómicas de RasMol "acidic or basic" y "amino and not neutral"

Cyclic Set

El conjunto de los átomos de los aminoácidos que contienen anillos o ciclos. Todos los aminoácidos se clasifican en cyclic (cíclicos) o acyclic (acíclicos). Este grupo consta de los aminoácidos His, Phe, Pro, Trp and Tyr. Los miembros del conjunto predefinido aromatic (aromáticos) son miembros de este conjunto. El único cíclico y no aromático es prolina. Este grupo es equivalente a la expresiones atómicas de RasMol "his, phe, pro, trp, tyr" y "aromatic or pro" y "amino and not acyclic"

Cystine Set

Este grupo contiene los átomos de residuos de cisteínas que forman parte de un puente de disulfuro, i. e., semi cisteínas. RasMol determina automáticamente puentes de disulfuro en caso de que ni el grupo predefinido cystine, ni la orden ssbonds se hayan utilizado desde que se cargó la molécula. El grupo de cisteínas libres puede ser definido con la expresión de átomo RasMol "cys and not cystine".

Helix Set

Este grupo contiene todos los átomos que forman parte de una hélice alfa de proteína como determinan el autor del archivo PDB o el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la determinación de estructura secundaria dada en el archivo PDB, si existe. De otra manera, utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden structure.

Este grupo predefinido no debe ser confundido con el grupo predefinido alpha que contiene los átomos de carbonos alfas de una proteína.

Hetero Set

Este grupo contiene todos los átomos heterogéneos de la molécula. Son los átomos descritos bajo la entrada HETATM en el archivo PDB. Normalmente contiene agua, cofactores y otros disolventes y ligandos. Todos los átomos "hetero" son clasificados como ligand (ligandos) o solvent (disolvente). Estos átomos heterogéneos solvent (disolvente) son más tarde clasificados como water (agua) o ions (iones).

Hydrogen Set

Este grupo predefinido incluye todos los átomos de hidrógeno y deuterio de la molécula con la que trabajamos. Es equivalente a la expresión de átomo RasMol "elemno=1".

Hydrophobic Set

Este grupo está compuesto de todos los aminoácidos hidrófobos, a saber, Ala, Leu, Val, Ile, Pro, Phe, Met y Trp. A los aminoácidos se les clasifica como hydrophobic (hidrófobos) o polar (polares). Este grupo equivale a las siguientes expresiones de átomos RasMol: "ala, leu, val, ile, pro, phe, met, trp" y "amino and not polar".

Ions Set

Este grupo incluye todos los fosfatos heterogéneos e iones de sulfatos del archivo de datos sobre moléculas con el que trabajamos. En ocasiones, un gran número de estos iones son asociados con estructuras de proteínas y ácidos nucleicos determinados por cristalografía de rayos X. Estos átomos tienden a rellenar desordenadamente una imagen. Los átomos hetero son clasificados como átomos ligand (ligando) o solvent (sovente); a su vez, todos los átomos solvent son clasificados como water (agua) o ions (iones).

Large Set

Todos los aminoácidos son clasificados como small (pequeños), medium (medios) o large (grandes). Este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "amino and not (small or medium)".

Ligand Set

Este grupo contiene todos los cofactores heterogéneos y semiligandos que se encuentran en el archivo de datos sobre moléculas con el que trabajamos. En este grupo, todos los átomos que no son solvent (disolvente) pasan a ser hetero. De esta manera, este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "hetero and not solvent".

Medium Set

Todos los aminoácidos son clasificados como small (pequeños), medium (medios) o large. (grandes). Este grupo equivale a la expresión de átomo "amino and not (large or small)", o "val, thr, asp, asn, pro, cys".

Neutral Set

Se refiere al grupo de los aminoácidos neutros. Todos los aminoácidos son clasificados como "acidic" (ácidos), "basic" (básicos) o "neutral" (neutros). Este grupo es equivalente a la expresión de átomo RasMol "amino and not (acidic or basic)".

Nucleic Set

Se refiere al grupo de todos los átomos en los ácidos nucleicos que está compuesto de las cuatro bases nucleítidas de adenosina, citidina, guanosina y timidina (A, C, G y T respectivamente). Todos los nucleítidos se clasifican como purine (purina) o pyrimidine (pirimidína). Este grupo es equivalente a las expresiones de RasMol "a,c,g,t" y "purine or pyrimidine"

Polar Set

Este conjunto incluye a los aminoácidos polares. Los aminoácidos se clasifican en hydrophobic (hidrófobos) o polar (polares). Esta conjunto es equivalente a la expresión atómica de RasMol "amino and not hydrophobic"

Protein Set

El conjunto de todos los átomos de una o varias proteínas. Consta del grupo predefinido de RasMol amino y las modificaciones post-tranducción mas frecuentes

Purine Set

El conjunto de los nucleótidos de purina. Son las bases adenosina and guanosina (A y G respetivamente). Todos los nucleótidos son, bien purines (purinas) o pyrimidines (pirimidínas). Este conjunto es equivalente a las expresiones atómicas de RasMol "a,g" y "nucleic and not purine"

Pyrimidine Set

Este es el grupo de los nucleótidos de pirimidina, es decir, las bases citidina y timidina (C y T respectivamente). Todos los nucleótidos son purines o pyrimidines. Este grupo equivale a las expresiones de átomos RasMol "c,t" y "nucleic and not pyrimidine".

Selected Set

Este grupo contiene el grupo de átomos seleccionado en un momento dado. La región seleccionada queda definida por las órdenes previas select o restrict y no por aquellas expresiones de átomos que contienen la clave selected.

Sheet Set

Este grupo está compuesto de todos los átomos que forman parte de una hoja plegada en la proteína como aparece determinado tanto por el autor del archivo PDB o por el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la denominación de estructura secundaria dada en el archivo PDB, en el case de que exista. De otra forma utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden structure.

Sidechain Set

Este grupo se compone de las cadenas laterales funcionales de cada aminoácido y de la base de cada nucleótido. Son precisamente los átomos que no forman parte del eje N-C-C-O de polipéptido o del de fosfato de azúcar de los ácidos nucleicos. Los grupos RasMol predefinidos protein y nucleic sirven para distinguir entre las dos formas de cadenas laterales. Los átomos de los ácidos nucleicos y de las proteínas son, bien , backbone (eje), bien, sidechain (cadena lateral). Este grupo equivale a la expresión RasMol "(protein or nucleic) and not backbone".

Small Set

Todos los aminoácidos de clasifican en small, medium or large. Este Grupo es equivalente a las expresiones atómicas de RasMol "amino and not (medium or large)", o "ala, gly, ser".

Solvent Set

Este grupo se compone de lo átomos disolventes del archivo coordinado de moléculas, es decir, moléculas de agua heterogéneas e iones de fosfato y sulfato. A todos los átomos hetero se les clasifica como átomos ligand (ligandos) o solvent (solvente); a su vez, a los átomos solubles se les clasifica como water (agua) o ions (iones). Este grupo equivale a las expresiones de átomo RasMol "hetero and not ligand" y "water or ions".

Surface Set

Este grupo se compone de aquellos átomos de aminoácidos que tienden (prefieren) a estar en la superficie de las proteínas, en contacto con las moléculas de disolvente. Este grupo tiene que ver con la preferencia de los aminoácidos y no con la accesibilidad real del disolvente a la proteína en cuestión. A todos los aminoácidos se les clasifica como surface (superficie) o buried (enterrado). Este grupo equivale a la expresión de átomo RasMol "amino and not buried" o "gly, ser, thr, lys, asp, asn, glu, pro, arg, gln, tyr, his" o "(polar and not cys) or pro".

Turn Set

Este grupo se compone de todos los átomos que forman parte de un giro de proteína como queda determinado por el autor del archivo PDB o por el algoritmo DSSP de Kabsch y Sander. Por defecto, RasMol utiliza la determinación de estructura secundaria dada en el archivo PDB, si existe; de otra forma, utiliza el algoritmo DSSP como lo hace la orden structure.

Water Set

Este grupo se compone de todas las moléculas heterogéneas de agua existentes en la base de datos con la que trabajamos. Un gran número de moléculas de agua aparecen, a veces, asociadas con estructuras de proteínas y ácidos nucleicos determinadas por cristalografía de rayos X. Estos átomos tienden a desordenar la imagen. A todos los átomos hetero se les clasifican como "ligand" (ligando) o solvent (disolvente); los átomos de disolvente (solvent)son clasificados luego como water (agua) o ions (iones).

Resumen de los conjuntos