Manual
RasMol 2.7.2.1

		Version		MAC PPC binaries		MSWIN binaries	RasWin Help File		LINUX binaries	RasMol Help File
		2.7.1		8     32		8	raw gz		8 16 32	raw gz
		2.7.1.1		8     32		8	raw gz		8 16 32	raw gz
		2.7.2		8     32		8	raw gz		8 16 32	raw gz
		2.7.2.1		8     32		8	raw gz		8 16 32	raw gz
	See Source Code and Binaries for more.

Basado en RasMol 2.6 de Roger Sayle
Biomolecular Structures Group
Glaxo Wellcome Research & Development
Stevenage, Hertfordshire, UK
Versión 2.6, Agosto 1995, Versión 2.6.4, Diciembre 1998
Copyright © Roger Sayle 1992-1999

y basado en modificaciones de

Las traducciones de la mayoría de los mensajes de RasMol en español fueron contribuidas por Fernando Gabriel Ranea (Laboratorio de Micología Museo de Farmacobotánica, Facultad de Farmacia y Bioquímica, Universidad de Buenos Aires (davinci@dinamica.com.ar)).

El manual original de RasMol fue creado por Roger Sayle. En julio de 1996, la Dra. Margaret Wong del Departamento de Química de la Universidad Tecnológica Swinburne, Australia, hizo una extensa revisión del manual de RasMol 2.5 que reflejaba adecuadamente el funcionamiento de RasMol 2.6. Eric Martz de la Universidad de Massachusetts efectuó posteriores revisiones. En mayo de 1997, William McClure de la Universidad Carnegie Mellon reorganizó la vesión HTML del manual en múltiple secciones que podían ser descargadas rapidamente y añadió el uso de marcos (frames). Partes del manual de la versión 2.7.1 de RasMol se obtuvieron de esta última versión, con la autorización de William McClure version usando el archivo rasmol.doc que Roger Sayle preparó para la versión 2.6.4 como fuente primaria.

La documentación fue actualizada por última vez el 14 de abril de 2001
La versión inglesa de este manual fue editada por Herbert J. Bernstein y Frances C. Bernstein.

La traducción española del manual de la versión de la Dra. Wong revisada por Eric Martz fue realizada por Isabel Serván Martínez y José Miguel Fernández Fernández

NOTA SOBRE LA TRADUCCIÓN AL ESPAÑOL:

Los comandos, órdenes y palabras clave de RasMol, aunque en algún caso se traduzcan, siempre conservan el texto inglés adjunto. La razón es que lo que se ha traducido, al menos por ahora es el manual, no el programa. RasMol está escrito en inglés y solo en ingles entiende las órdenes. Así por ejemplo los colores se traducen para su comprensión pero cuando se teclee un comando deberá emplearse el término adecuado en inglés.

Pedimos disculapas por algunos problemas que no hemos podido solucionar satisfactoriamente: Hay palabras del lenguaje de la programación que solo se usan en inglés. Hemos tratado de traducirlas siempre que ha sido posible, y en el peor de los casos la hemos traducido manteniendo a su lado el término inglés.

Por todo ello es seguro que habrá errores. Si se nos comunican al correo electrónico citado algo mas arriba, haremos lo posible por solucionarlos.

Todo lo afirmado en este texto en las diversas notas de derechos de autor y de reclamaciones es aplicable a la traducción.

Si desea emplear componentes importantes de de RasMol en algún otro programa, modificarlo el mismo RasMol, o de cualquier otra forma hacer lo que un legista pudiera llamar "trabajo derivado de", usted está, no solo autorizado, sino que se le anima a hacerlo. A cambio le rogamos que, por favor, haga lo siguiente:

• 4. Por favor explique claramente en su documentación que diferencias tiene su versión de aquella a que se hace referencia en este texto; y
• 5. Por favor mantenga el código fuente modificado disponible.

Esta versión de RasMol no es de dominio público, pero se ofrece libremente a la comunidad en la esperanza del avance de la ciencia. Si desea hacer cambios, por favor hágalos en forma responsable, y, por favor, ofrézcanos la oportunidad de incluirlos en futuras versiones del programa RasMol.

RasMol Copyright © Roger Sayle 1992-1999
Modificaciones de la Version 2.6x1 Copyright © Arne Mueller 1998
Modificaciones de la Version 2.5-ucb y 2.6-ucb Copyright © UC Regents/ModularCHEM Consortium 1995, 1996
Modificaciones de la Version RasTop 1.3 Copyright © Philippe Valadon 2000
Modificaciones de las Versiones 2.7.0, 2.7.1, 2.7.1.1, 2.7.2 y 2.7.2.1 Copyright © Herbert J. Bernstein 1998-2001

Este programa ha sido creado a partir de diversas fuentes. Gran parte del código procede de RasMol 2.6, tal y como fue creado por Roger Sayle.

El código para la torsión angular, el nuevo código POVRAY3 y otros nuevos capacidades se derivan de las revisiones RasMol2.6x1 efectuadas por Arne Mueller.

El código para la impresión de los gráficos de Ramachandran se deriva de fisipl que fue creado por Frances C. Bernstein. Vease la cinta del programa de Protein Data Bank.

Las modificaciones CIF hacen uso de un librería basada en parte en CBFlib de Paul J. Ellis y Herbert J. Bernstein.

Partes de CBFlib están fuertemente basadas en el paquete CIFPARSE de NDB en la Rutgers university.

Esta versión se basa en parte grande en la versión 2.7.2 de RasMol, en la versión 2.7.1.1 de RasMol y en la versión 1.3 de RasTop e indirectamente en la versión 2.5-ucb de RasMol, en la versión 2.6-ucb de RasMol, en la versión 2.6_CIF.2 de RasMol, en RasMol la versión 2.6x1 de RasMol y en la versión 2.6.4 de RasMol. Si usted no planea cambiar RasMol, no solo está usted autorizado a hacer copias libres y gratuitas y distribuirlas, sino que se le anima fervientemente a ello, pidiendole lo siguiente:

Si desea emplear componentes importantes de de RasMol en algún otro programa, modificarlo el mismo RasMol, o de cualquier otra forma hacer lo que un legista pudiera llamar "trabajo derivado de", usted está, no solo autorizado, sino que se le anima a hacerlo. A cambio le rogamos que, por favor, haga lo siguiente:

Esta versión de RasMol no es de dominio público, pero se ofrece libremente a la comunidad en la esperanza del avance de la ciencia. Si desea hacer cambios, por favor hágalos en forma responsable, y, por favor, ofrézcanos la oportunidad de incluirlos en futuras versiones del programa RasMol.

Esta nota tse aplica a esta obra como un todo y a las obras que se incluyan en él:

* Las actividades creativas dependen del vivo intercambio de ideas. Existen leyes y usos que establecen derechos y responsabilidades a los autores y a quienes usan lo que los autores crean. Esta nota no intenta prevenir del uso de este software ni de los documentos comprendidos en el paquete, sino que trata de asegurar que no haya malos entendidos sobre los términos y condiciones de uso.

*Por favor lea la siguiente nota cuidadosamente. Si no entiende algún fragmento, por favor busque la asesoría profesional legal adecuada antes de emplear este programa y los textos incluidos en el paquete. Además de cualquier otro paso que usted deba dar, o al que pueda ser obligado para respetar los derechos de propiedad intelectual de las distintas partes implicadas, si usted hace uso del software y los documentos de este paquete, le rogamos de los debidos créditos citando este paquete, sus autores y la URL o cualquier otra fuente de la que usted lo hubiera obtenido, o referencias primarias equivalentes en la literatura citada, con los mismos autores.

* Parte de este software y los documentos asociados son propiedad intelectual de varias partes, y su ubicación en el paquete no implica que esos derechos hayan sido olvidados o disminuidos.

* Con respecto al software o a los documentos sobre los que exista un copyright, TODOS LOS DERECHOS ESTÁN RESERVADOS A LOS PROPIETARIOS DE TAL COPYRIGHT.

* Aún cuando los autores de lo diversos documentos y software de los que aquí se escribe han hecho un verdadero y fecundo esfuerzo para asegurar que todos los documentos son correctos y que el software responde de acuerdo con la documentación, y aunque apreciaríamos enormemente saber de cualquier problema que usted pueda encontrar, el programa y los docuemntos y los archivos que puedan ser creados con el programa se suministran **como están** sin ningún tipo de garantía en cuanto a corrección, difundibilidad o ajuste a algún uso particular o general.

* LA RESPONSABILIDAD SOBRE CUALQUIER CONSECUENCIA ADVERSA DEL USO DE ESTE PROGRAMA Y/O LOS DOCUMENTOS ASOCIADOS O POR LOS ARCHIVOS CREADOS POR EL USO DE LOS CITADOS PROGRAMA Y DOCUMENTOS RECAE EXCLUSIVAMENTE SOBRE LOS USUARIOS DEL CITADO MATERIAL Y NO SOBRE EL AUTOR O AUTORES DE LOS CITADOS PROGRAMAS Y DOCUMENTOS.

Sujeto a su aceptación de las condiciones establecidas anteriormente, y a su respeto de los términos y condiciones descritas en esta y las demás notas, si usted no va a hacer ninguna modificación o a crear "trabajo derivado", usted tiene el permiso necesario para copiar libremente y distribuir este paquete, de acuerdo a lo siguiente:

Si desea emplear componentes importantes de RasMol en algún otro programa, modificarlo el mismo RasMol, o de cualquier otra forma hacer lo que un legista pudiera llamar "trabajo derivado de", usted está, no solo autorizado, sino que se le anima a hacerlo. A cambio le rogamos que, por favor, haga lo siguiente:

La siguiente nota es aplicable a RasMol V 2.6 y a las versiones anteriores.

La información contenida en este documento está sujeta a cambios sin noticia previa y no representa ninguna obligación por parte del suministrador. Este paquete se vende/distribuye bajo condición de que no será, mediante negocio o de otra forma, ser prestada, revendida, alquilada o cualquier forma de circularla sin el permiso previo de quien lo suministra, en cualquier forma de empaquetamiento o cobertura distinta de aquella en la que fue producida. Ninguna parte de este manual o del software acompañante puede ser reproducido, almacenado en sistemas de distribución sobre disco óptico o magnético, cinta o cualquier otro medio, o transmitido en cualquier forma o por cualquier medio, electrónico, mecánico, por fotocopia, grabación o para cualquier otro propósito que no sea el uso personal del propietario.

Este producto no puede ser usado, en ninguna forma, en la planificación, construcción, mantenimiento, operación o uso de cualquier instalación nuclear, ni en el vuelo, navegación o comunicación de nave aérea o equipo de apoyo en tierra alguno. El autor no será responsable, ni siquiera parcialmente, ante cualesquiera reclamaciones por daños y perjuicios derivados del uso de este manual, incluyendo muerte, insolvencia o declaración de guerra como consecuencia de su uso.

LA siguiente Nota de Reclamaciones es aplicable a CBFlib V0.1, de la que el código es parcialmente derivado.

* Los materiales despachados aquí fueron desarrollados bajo el patrocinio del Gobierno Norteamericano. Ni los Estados Unidos, ni el U.S. D.O.E., ni la Universidad Leland Stanford Junior, ni sus empleados, otorgan ninguna garantía, implícita o explícita, o asumen ninguna responsabilidad legal o de cualquier otro tipo por lo ajustado, completo o útil de cualquier información, aparato, producto o proceso, ni representa que su uso no infrinja derechos privadamente protegidos. La mención de cualquier producto, su productor, o suministrador no será, ni se podrá entender como, implicación de aprobación, desaprobación, o ajuste a ningún uso concreto. Los Estados Unidos y la Universidad siempre retendrán el derecho a usar y difundir los temas producidos para cualquier propósito.

Nota 91 02 01

Partes de este software están profundamente basadas en el paquete CIFPARSE DE NDB de la Rutgers University. Vease

http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/mmcif/software

CIFPARSE es parte de la aplicación NDBQUERY, un programa componente del Proyecto Nucleic Acid Database Project [ H. M. Berman, W. K. Olson, D. L. Beveridge, J. K. Westbrook, A. Gelbin, T. Demeny, S. H. Shieh, A. R. Srinivasan, and B. Schneider. (1992). The Nucleic Acid Database: A Comprehensive Relational Database of Three-Dimensional Structures of Nucleic Acids. Biophys J., 63, 751-759.], cuya cooperación es reconocida con agradecimiento, especialmente en la forma de diseñar conceptos creada por J. Westbrook.

Por favor esté advertido de la siguiente comunicación de CIFPARSE API:

Este software se suministra SIN GARANTIA DE APLICABILIDAD O ADECUACIÓN A UN PROPÓSITO PARTICULAR Y SIN NINGÚN OTRO TIPO DE GARANTÍA, EXPRESADA O IMPLICITA. RUTGERS NO AFIRMA NI GARANTIZA QUE EL SOFTWARE NO NOT INFRINGE PATENTES, COPYRIGHT U OTRO DERECHO DE PROPRIETARIO.

Para arrancar RasMol desde el inductor de UNIX o el de VMS, teclee el comando 'rasmol'. A continuación del comando puede añadir un nombre de archivo. Por defecto, inmediatamente del arranque el programa visualiza el siguiente mensaje, para identificar el número de versión y la profundidad de visualización del programa que se va a correr: Habrá algunas variaciones en este mensaje en función de su elección de plataforma:

Inmediatamente debajo de este mensaje aparece el inductor de la línea de comandos de 'RasMol'. Si el programa se ejecuta en un sistema X windows, el programa determina el tipo de visualización que se emplea. Si la pantalla tiene un tampón de marco de color de 8 bit o de 24 bit, RasMol crea otra ventana, que se usa para visualizar opciones de menú y las imágenes que RasMol devuelve. Si hay solo una ventana disponible, RasMol solo podrá ser empleado desde la línea de comandos. Los comandos pueden ser escritos para manipular el modelo, y para dar salida a la imagen generada hacía un archivo de salida.

Si el programa corre bajo entorno X Windows con una ventana de color disponible, RasMol crea una ventana adicional para exhibir la molécula dada interactívamente, conforme es manipulada. Si RasMol no corre bajo entorno X Windows, el programa responderá con el mensaje "No se detectó un display utilizable". RasMol puede ser manejado de forma que no presente una ventana gráfica, usando la opción de línea de órdenes "nodisplay". Esto es particularmente útil para usar RasMol como proceso en "en el fondo" (batch).

Es posible especificar el nombre de un archivo de coordenadas o bien de un script, o ambos, en la línea de órdenes UNIX/VMS. El formato para hacerlo es añadir la opción "- script "nombre de archivo" a la línea de comandos. Un archivo de coordenadas puede cargarse colocando su nombre en la línea de órdenes, precedido de la opción del formato de archivo. Si no se especifica el tipo de archivo, por defecto se asumirá que es PDB. Las opciones válidas son: '-pdb', '-mdl', '-mol2', '-xyz', '- alchemy' o '-charmm', que se corresponden a Brookhaven, MDL Mole, Sybyl Mol2, xyz de MSC, Alchemy y CHARMm respectivamente. Si simultáneamente se especifican tanto un archivo, como un script en la línea de comandos, la molécula se carga primero y después los comandos del script se aplican a él. Si el archivo no se encuentra, el programa muestra el mensaje de error "Error: File not found!" y el usuario recibe el inductor de RasMol.

Para cerrar RasMol, el usuario puede escribir el comando "quit" en el inductor de "RasMol", y el programa volverá al inductor de usuario de UNIX. Alternativamente, si un inductor distinto del principal de RasMol se visualiza, el usuario puede pulsar control-C (^C) para dejar el programa. El mensaje '***Quit***' aparece en la consola, antes del usual inductor de unix sea mostrado de nuevo. Otra forma de terminar el programa es seleccionando la opción Quit del menú, al fondo del menú principal.

Para arrancar RasMol en Microsoft Windows, haga doble clic en el icono RasMol del gestor de programas. Cuando RasMol arranca por primera vez el programa muestra una ventana principal única con un fondo negro y además provee de una ventana para la línea de comandos, minimizada, como un icono (win 3.x) o en la barra de funciones (95 y NT). La línea de comandos puede ser maximizada.

Se puede especificar el nombre de un archivo de coordenadas atómicas o el nombre de un script o ambos en la ventana de línea de comandos. El formato será para un archivo script añadir la opción '- script <nombre-del-archivo>'a la línea de comando. Un archivo de coordenadas moleculares se especifica escribiendo su nombre en la línea de comandos, opcionalmente precedido por la opción de tipo de formato. Si no se especifica el tipo de archivo, por defecto se asumirá que es PDB. Las opciones válidas son: '-pdb', '-mdl', '-mol2', '-xyz', '- alchemy' o '-charmm', -'mopac' y 'CIF' que se corresponden con los formatos Protein Data Bank, Mol de Molecular Design Limited, Sybyl Mol2 de Tripos, XMOL xyz de MSC, Alchemy de Tripos, CHARMm, MOPAC de J. P. Stewart y CIF o mmCIF de la Unión Internacional de Cristalográfía, respectivamente. Si simultáneamente se especifican tanto un archivo, como un script en la línea de comandos, la molécula se carga primero y después los comandos del script se aplican a él. Si el archivo no se encuentra, el programa muestra el mensaje de error "Error: File not found!" y ante el usuario recibe el inductor de RasMol.

Para usar RasMol en un Macintosh, haga doble clic en el icono de RasMol empleando "Finder". Al empezar RasMol el programa muestra dos ventanas, la de encima (con el fondo negro) es la ventana gráfica o "canvas" y la de abajo (de fondo blanco) es la ventana de la línea de comandos de RasMol. RasMol en un Macintosh puede arrancar, también clicando por duplicado en un archivo creado por la aplicación con la firma 'RSML'. Esto arrancará la aplicación y dará paso al archivo seleccionado para ser cargado. No hay forma de especificar el formato del archivo en la línea de órdenes en un Macintosh por lo que RasMol tiene que determinar el tipo de formato del archivo inspeccionando el nombre. Los archivos del tipo 'RSML' se asume que son script de RasMol, los del tipo 'mMOL' son asumidos como archivos MDL Mol y todos los demás (principalmente 'TEXT') se asume que están en formato PDB. A diferencia de las demás versiones de RasMol es imposible de especificar simultáneamente un script y un archivo de coordenadas.

Arrastrando y soltando (dragging and dropping) los archivos script sobre alias, o accesos directos de RasMol pueden fracasar debido a errores respecto al directorio correcto. Hacer doble clic sobre un " script puede tener las mismas consecuencias si existen diferentes copias del programa.

En cualquier plataforma RasMol muestra dos ventanas, la principal de gráficos o canvas de fondo negro y una segunda ventana para la línea de comandos o ventana terminal. Encima de la ventana gráfica (en un MacIntosh en la parte superior de la pantalla) está la barra de menús de RasMol. El contenido de esta barra cambia de plataforma a plataforma para soportar las líneas generales de la interfase gráfica de usuario, sin embargo todas las plataformas soportan los menús desplegables 'File', 'Display', 'Colours', 'Export' y 'Options'. La ventana gráfica tiene dos barras de desplazamiento (scroll) a la derecha y abajo que pueden ser usadas para mover, interactívamente, la molécula.

La ventana principal puede redimensionarse en cualquier momento de la sesión. Lo cual tiene por efecto reescalar la imagen visualizada, si la hubiera. RasMol impone como limites al tamaño de la ventana el permitir visualizar las barras de desplazamiento y el menú superior, y que todo junto ocupe una única pantalla. En máquinas con insuficiente memoria de video los intentos de agrandar la ventana pueden fracasar, en cuyo caso RasMol produce el mensaje de error 'Renderer Error: Unable to allocate frame buffer!' o similar (según el sistema operativo en que corra).

En los sistemas de visualización de 8 bits, cuando el número de colores requerido por el programa exceda los colores libres en la pantalla, el programa usa su propio mapa de colores. El efecto es que temporalmente todo lo que aparezca en la pantalla que no sea la ventana gráfica de RasMol aparece en falsos colores cuando el puntero del ratón esté sobre dicha pantalla. Si el puntero del ratón se desplaza fuera de la pantalla de visualización de RasMol, los colores originales de la otra ventana vuelven, y la imagen sobre el fondo es a su vez mostrada en falso color. En cuanto el número de colores requerido vuelve a los límites de la capacidad de la pantalla vuelve la normalidad.

*En algunos Macs, la opción (Alt) tecla tiene el mismo efecto que el comando "key" de RasMol..

La barra de desplazamiento (scroll bar) que atraviesa la parte inferior del marco se usa para rotar la molécula sobre el eje y, i.e. gira el punto mas próximo de la molécula a derecha o izquierda, mientras que la de la derecha del marco lo hace sobre el eje x, i.e. el punto mas próximo sube o baja. Cada una de estas barras tiene un indicador que señala la posición relativa de la molécula. El punto inicial de este indicador es el centro de cada barra. Esta barra de desplazamiento puede ser operado en otras dos formas. La primera pulsando cualquier botón del ratón en cualquier punto de la barra de desplazamiento, indicando una rotación relativa respecto a la posición actual. El segundo es picando una de las flechas en los extremos de las barras rotando la moléculas en valores fijos. Rotar la molécula por el segundo método puede causar que los indicadores de las barras de desplazamiento salten de un extremo a otro de la barra. Eso indica una revolución completa (desplazamiento de toda la longitud de la barra). El ángulo girado usando las flechas depende del tamaño de la ventana.

Para identificar un átomo o enlace concreto que esté visualizándose, RasMol permite al usuario picar sobre cualquier objeto que está en pantalla.. El ratón es utilizable para este fin siempre que esté mostrando como puntero la cruz, y que este puntero se encuentre sobre el objeto que se desea seleccionar. En ese momento pulsar cualquier botón del ratón tiene como resultado seleccionarlo. En el caso de que el ratón no este, exactamente sobre un objeto RasMol se encarga de adjudicar la selección al átomo más próximo.

El programa dará como salida en la ventana terminal (la de la línea de comando), el tipo atómico, número de serie, nombre y número del residuo. Si el átomo forma parte de una cadena con nombre, este también se visualiza.. A continuación se dan dos ejemplos de la salida generada seleccionando un átomo:

La primera línea describe el carbono alfa de la serina 70 de una proteína El número de serie de PDB para este átomo es el 349. La siguiente línea describe el átomo de oxígeno de una molécula de agua unida a la cadena P de la molécula principal. La palabra 'Hetero' distingue las moléculas heterogéneas (p. e. cofactores) de los residuos de la molécula principal, anotada como 'Group'. [Estos dos átomos son descritos por las dos expresiones 'SER70.CA' y 'HOH205:P.O', respectivamente, cuando se usan los comados de RasMol select y restrict.]

El mando 'ZOOM' permite ampliar interactívamente la molécula entre el 10% y el 200% del tamaño fijado por defecto como el original. Girando el dial en el sentido de las agujas del reloj aumenta el tamaño de la molécula y en el contrario la disminuye. Una revolución del mando se corresponde con el 100% de cambio de tamaño.

El mando 'SLAB', que solo es efectivo cuando la opción slab está activada, permite al usuario desplazar el plano frontal desde el punto más próximo al mas lejano. Una rotación completa del botón slab se corresponde con un movimiento equivalente a la mitad de la distancia entre él más próximo y él más lejano de la molécula. El giro en el sentido de las agujas del reloj acerca el plano al usuario (incrementando el número de objetos visibles), y el contrario lo aleja (eliminando objetos de la visualización).

El modo de rebanado (slab) tecleando la orden 'slab on' en la línea de comandos o activando la opción slab del menú de opciones.

Desplazar a lo largo de los ejes X e Y permite mover el centro de la molécula en la zona gráfica de la pantalla. Rotación y ampliación también se ejecutan respecto al centro de rotación y al de la molécula, respectivamente, que a menúdo pueden no coincidir con el centro de la zona gráfica. El mando TRANS Z no tiene efecto por el momento.

RasMol permite ejecutar comandos de forma interactiva tecleándolos en la ventana de terminal (command line). Los caracteres tecleados son procesados en la línea de comandos. Cada orden debe darse como una línea separada terminada pulsando retorno de carro. Las palabras clave (órdenes o comandos) son caso insensibles y por tanto no diferencian mayúsculas de minúsculas. Todos los espacios en blanco (así como tabuladores y alimentación de hojas), excepto aquellos que separan palabras clave de argumentos, son ignorados. Una restricción interna limita el tamaño de la línea a 256 caracteres. Los delimitadores de cadenas son las comillas dobles o sencillas. La colocación del carácter "número" # o sostenido (a veces en español se le llama barrilete) sin comillas termina la línea, lo que permite su uso para líneas de comentarios.

Si se detecta un error sintáctico a la entrada de un comando interactivo, RasMol indica la localización del error en la orden colocando el carácter '^' debajo de la palabra o letra incorrecta o incoherente, y escribiendo un mensaje de error en la línea siguiente. Si el comando no es reconocido por RasMol, el programa genera el texto 'Unrecognised command!' y restaura el inductor (prompt principal). Si la línea incluye información no requerida al final del comando y los argumentos, RasMol ejecutará el comando, pero mostrará el texto de advertencia 'Warning: Ignoring rest of command!'. Algunas órdenes pueden pedir al usuario mas información. Cuando ocurre así aparece un inductor diferente que se discutirá en la sección referencia de órdenes.

Cuando RasMol da como salida de pantalla un mensaje de error de diagnóstico o de aviso debido a la selección inadecuada de una orden alojada en los menús desplegables, la línea de órdenes actual se limpia. El inductor se revisualiza a continuación del mensaje interno.

RasMol permite una edición básica de la línea de comandos. Tanto la tecla espacio atrás (backspace), como suprimir (delete), como ^H (Control-H) borra el carácter previo, mientras que ^D puede usarse para eliminar el carácter que hay bajo el cursor. Otros varios caracteres pueden emplearse para mover el cursor a lo largo de la línea. Los caracteres ^B, ^F, ^A y ^E mueven el cursor atrás un único espacio, adelante un solo espacio, al principio de la línea, o al final de ella, respectivamente. Si el cursor no está al final de la línea, los caracteres tecleados se insertan en la línea sin eliminar a los existentes. Tras la edición un retorno de carro entrará la información, sin importar donde esté el cursor. Ya que RasMol es incapaz de mover el cursor arriba, a la anterior línea, se debe cuidar la edición de comandos que ocupen varias. En el caso de otro proceso interrumpa o interfiera con la edición, el carácter ^L puede usarse para revisualizar la línea en pantalla.

RasMol mantiene una historia de las órdenes usadas recientemente, de tal forma que no se necesita reescribir repetidamente. Control P ^P en la línea de comandos recupera el anterior comando y control N ^N el siguiente. Estas órdenes pueden ser editadas como se describe mas adelante. Moviéndose atrás y adelante en la historia de las órdenes se deshacen las modificaciones creadas en la orden editada. El número de comandos retenidos depende de su longitud. RasMol puede retener mas órdenes cortas y menos si son largas.

Los usuarios de Microsoft Windows o de X windows y aquellos con un terminal 'vt100' compatible (como p.e. un 'xterm') pueden usar los caracteres de control del teclado para el puntero (las flechas) para hacer mas rápida la manipulación de la historia de órdenes. Las flechas derecha e izquierda tienen el mismo efecto que control F ^F y control B ^B, y mueven adelante y atrás un carácter cada vez.. Las flechas arriba y abajo simulan ^P y ^N, evocando las órdenes anterior y posterior respectivamente.

Los Usuarios de la versión para Macintosh pueden usar las cuatro flechas del cursor para desplazarse arriba y abajo por las sucesivamente ejecutadas líneas de órdenes; y atrás y adelante en una línea concreta. Pulsar 'return' o 'enter' en cualquier momento lleva a la ejecución del contenido de la línea actual, e.g. seleccionada o editada.

Todas las dimensiones en RasMol, como radios y distancias, pueden especificarse tanto en unidades RasMol como en Angstroms. Las unidades RasMol fueron creadas para poder especificar valores de tamaños razonables para operaciones ejecutadas en RasMol. Una unidad RasMol se corresponde con 1/250 de Angstrom,asi que sus valores aparecen principalmente como cientos. Por esta razón, si a RasMol se le da una distancia dada en cifras que no contengan decimales se asume que son unidades RasMol. Por ejemplo, el comando 'spacefill 300' especifica una esfera con un radio de 300 unidades RasMol, o sea 1.2 Angstroms.

Sin embargo, las dimensiones en RasMol se pueden especificar, también, en Angstroms colocando un punto decimal en el número. Por ejemplo, 'spacefill 1.2' especifica una esfera con el radio en Angstroms. Esto es particularmente útil para la distancia de corte en expresiones con parámetro 'within' (en).

Cada vez que se arranca RasMol, busca un archivo de comandos de inicialización para ejecutarlo antes de presentar el prompt (inductor)al usuario. Este archivo se llama .rasmolrc en sistemas UNIX, y RASMOL.INI en sistemas VMS y Microsoft Windows. El formato y la ejecución de este archivo es idéntico tal de un archivo script de RasMol.

RasMol busca, en primer lugar, el archivo de inicialización en el directorio actual, y si no lo encuentra, en el hogar ("home") del usuario. En todos los sistemas la variable de entorno HOME se puede emplear para nombrar el directorio hogar apropiado. Si no existe un archivo personal de inicialización se leerá el archivo rasmolrc (o RASMOLRC) en el directorio del sistema RasMol al que apunte la variable de entorno RASMOLPATH. Este directorio debería contener también el archivo de ayuda on-line rasmol.hlp. En sistemas UNIX, RASMOLPATH se ajusta, típicamente para ser '/usr/local/lib/rasmol'.

A diferencia de la orden script, .rasmolrc, no generará un mensaje de error si no encuentra el archivo. El archivo del sistema rasmolrc se emplea comúnmente por los gestores de sistemas para visualizar información sobre la instalación local y para que quien necesita ayuda reciba una orden eco de RasMol detallando un número de teléfono, o dirección de correo electrónico para contactar.

RasMol soporta Comunicación entre procesos (Inter Process Communication (IPC)) en una u otra forma, en cualquier plataforma. En Microsoft Windows, IPC se implementa usando Dynamic Data Exchange (DDE), en un MacIntosh IPC se implementa usando Apple Events y en un sistema X Windows IPC se implementa usando el protocolo de comunicación de John Ousterhaut Tcl/Tk.

Cuando RasMol arranca en un sistema X window se registra ante el servidor X window como un interprete Tcl. Desde una aplicación Tcl tal como 'wish', se puede usar órdenes Tcl 'winfo interps' para determinar el interpretre registrado actualmente en la pantalla. En primera instancia RasMol se registra como 'rasmol', en segunda instancia como 'rasmol2', en tercera como 'rasmol #3' y así sucesivamente. El interprete Tcl puede fácilmente enviar una orden a rasmol empleando el comando send interconstruido. RasMol interpreta el parámetro de cadena para la orden send no como una función Tcl para ejecutar, sino como una orden de RasMol. Así, teclear 'send {rasmol} {background red}' en el interprete deseado causará que la ventana de visualización de RasMol cambie de color. Usando lo mismo codificado como protocolo Microsoft's DDE Execute, pueden enviarse órdenes múltiplesen un único 'send', colocando los comandos consecutivamente entre corchetes. RasMol ejecutará todos los comandos que haya en un 'send' antes de refrescar una pantalla.

En Microsoft Windows, RasMol soporta un protocolo DDE completo. Las funciones más simples son accesibles enviando una orden de ejecución DDE a la aplicación 'RasWin' y alguna especificación. Esto arrancará una conversación DDE con la mas recientemente arrancada instancia de RasMol. Aunque cualquier tema puede ser especificado, se recomienda emplear 'System' y/o 'RemoteControl'. De nuevo los contenidos del paquete ejecutable es una cadena para su ejecución por RasMol. Si el primer carácter distinto de espacio en blanco es una apertura de corchetes, la cadena se interpreta como una secuencia de órdenes encadenadas entre corchetes; pero la cadena puede constar de un único comando. Los comandos entre corchetes opcionalmente pueden separarse por espacios y/o dos puntos. RasMol puede también actuar como un 'servidor de datos' soportando uniones (links) calientes, fríos y templados. Los items DDE actualmente soportados incluyen 'Name', 'Image', 'Pick', 'Count' que significan nombre de molécula, imagen actualmente visualizada (en formato Microsoft DIB), la expresión átomo del último átomo picado (o una cadena vacía) y el número de átomos seleccionados, respectivamente. Usar un enlace caliente o templado (hot o warm link) en el item 'Pick', p.e., permite que una aplicación como Microsoft Word, Excel o Visual Basic responda cada vez que el usuario pica un átomo en RasMol.

RasMol en un Apple Macintosh soporta AppleEvents. Actualmente solo soporta los cuatro sucesos del núcleo, abrir aplicación, abrir documento, imprimir documento y salir de todo, ya que abrir documento determina sus acciones por la firma de tipo de documento se puede usar para implementar un IPC genérico. Debido a que RasMol para Macintosh trata todos los archivos de tipo 'RSML' como script (guiones), solo se necesita que la aplicación que envía coloque todos los comandos para ser ejecutados en un archivo temporal, ajustar el tipo del archivo a 'RSML' y entonces enviar a RasMol un "abrir documento AppleEvent" con el nombre del archivo como parámetro.

RasMol permite ejecutar comandos interactivos tecleados tras el inductor "RasMol" en la ventana de la línea de comandos. Las órdenes se dan siempre en líneas separadas. Se pueden utilizar tanto letras mayúsculas como minúsculas para los comandos, ya que es insensible a esta característica. Los espacios en blanco son ignorados excepto en aquellos casos en los que sirvan para separar las órdenes de sus argumentos.

A continuación presentamos una lista de los comandos y claves reconocidos actualmente por RasMol.

Sintaxis:  backbone {<booleano>}
           backbone <valor>
           backbone dashes

La orden "backbone" de RasMol hace posible la representación del esqueleto del polipéptido como una serie de enlaces que conectan los carbonos alfas adyacentes de cada aminoácido en una cadena. La visualización de estos enlaces a lo largo del eje de la molécula se activa o desactiva con el parámetro de la orden, al igual que con la orden wireframe. Con la orden "backbone off" se desactivan los "enlaces" seleccionados y con "backbone on" o un número se activan. El número puede ser utilizado para especificar en unidades angstroms o unidades de rasmol el radio del cilindro de la representación. Un valor de parámetro de 500 (2.0 angstroms) o mayor puede resultar en un error que aparecerá como "Valor del parámetro demasiado grande" (Parameter value too large). Los elementos de la representación se pueden colorear utilizando el comando de RasMol colour backbone.

Esta orden se puede utilizar como uno de los conjunto predefinido ("help sets") y como un parámetro para las órdenes "set hbond" y "set ssbond". El comando de RasMol trace es sinónimo de "backbone", en contraste con backbone que conecta los carbonos alfa mediante líneas rectas.

Este "esqueleto" puede visualizarse "borrado" usando la orden 'backbone dash'.

Sintaxis:  background <color>

La orden de RasMol background selecciona el color del "lienzo" de fondo. El color pude ser determinado a través del nombre del color o por medio de componentes triples de Rojo, Verde y Azul (RVA) separados por comas y delimitados por corchetes. Al teclear la orden help colours se obtendrá una lista de los nombres de colores predefinidos y reconocidos por RasMol. Si se utiliza X Windows, RasMol es capaz de reconocer aquellos colores que se encuentran en la base de datos de nombres de colores del servidor X.

La orden background es sinónima de set background.

Cartoon

Sintaxis:  cartoon <número>

Centre

Sintaxis:  centre {<expresión>} {translate|center}
           center {<expresión>} {translate|center}

Sintaxis:  clipboard

Sintaxis:  colour {<objecto>} <color>
           color {<objecto>} <color>

Sintaxis:  connect {<booleano>}

Sintaxis:  define <identificador> <expresión>

Sintaxis:  depth {<booleano>}
           depth <valor>

Sintaxis:  dots {<booleano>}
           dots <valor>

Sintaxis:  echo {<cadena>}

Sintaxis:  English

Sintaxis:  French

Sintaxis:  hbonds {<booleano>}
           hbonds <valor>

Sintaxis:  help {<tema> {<subtema}}
           ? {<tema> {<subtema>}}

Sintaxis:  Italian

Sintaxis:  label {<cadena>}
           label <booleano>

    %a      Nombre del átomo.
    %b %t   factor B/temperatura.
    %c %s   Identificador de cadena.
    %e      Símbolo del elemento atómico.
    %i      Número de seriado del átomo.
    %n      Nombre del residuo en forma de código de tres letras.
    %r      Número de residuo.
    %M      Número del modelo NMR (con direccionado "/")
    %A      Alternate Conformation Identificador de conformación alternativa (con direccionado ";")

Sintaxis:  load {<formato>} <nombre de archivo>

Sintaxis:  molecule <número>

Sintaxis:  monitor <número>  <número>
           monitor {<booleano>}

Sintaxis:  pause
           wait

Sintaxis:  print

Sintaxis:  quit
           exit

Sintaxis:  refresh

Sintaxis:  renumber {{-} <valor>}

Sintaxis:  reset

Sintaxis:  restrict {<expresión>}

Sintaxis:  ribbons {<booleano>}
           ribbons <valor>

Sintaxis:  rotate <eje> {-} <valor>

Sintaxis:  save {pdb} <nombre de archivo>
           save alchemy <nombre de archivo>
           save mdl <nombre de archivo>
           save xyz <nombre de archivo>

Sintaxis:  script <nombre de archivo>

Sintaxis:  select {<expresión>}

Sintaxis:  set <parámetro> {<opción>}

Sintaxis: show information
          show centre
          show phipsi
          show RamPrint
          show rotation
          show selected {gruup | chain | atom}
          show sequence
          show symmetry
          show translation
          show zoom

Sintaxis:  slab {<booleano>}
           slab <valor>

Sintaxis: spacefill {<booleano>}
          spacefill temperature
          spacefill user
          spacefill <valor>

Sintaxis:  Spanish

Sintaxis:  ssbonds {<boleano>}
           ssbonds <valor>

Sintaxis:  star {<booleano>}
           star temperature
           star user
           star <valor>

Sintaxis:  stereo on
           stereo <número>
           stereo off

Sintaxis:  strands {<booleano>}
           strands <valor>

Sintaxis:   structure

Sintaxis:  trace {<booleano>}
           trace 
           trace temperature

Sintaxis:  translate <eje> {-} <valor>

Sintaxis:  unbond <número> <número>
           unbond

Sintaxis:  wireframe {<booleano>}
           wireframe <valor> {<valor>}
           wireframe dashed

Sintaxis:  zap

Sintaxis:  zoom {<booleano>}
           zoom <valor>

Sintaxis:  set ambient {<valor>}

Sintaxis:  set axes <booleano>
           

Sintaxis:  set backfade <booleano>

Sintaxis:  set background {<color>}

Sintaxis:  set bondmode and
           set bondmode or
           set bondmode all
           set bondmode none
           set bondmode not bonded

Sintaxis:  set bonds <booleano>

Sintaxis:  set boundbox <booleano>

Sintaxis:  set cartoon {<booleano>}
           set cartoon {<número>}

Sintaxis:  set cisangle {<valor>}

Sintaxis:  set display selected
           set display normal

Sintaxis:  set fontsize {<valor>} { FS | PS }

Sintaxis:  set fontstroke {<valor>}

Sintaxis:  set hbonds backbone
           set hbonds sidechain

Sintaxis:  set hetero <booleano>

Sintaxis:  set hourglass <booleano>

Sintaxis:  set hydrogen <booleano>

Sintaxis:  set kinemage <booleano>

Sintaxis:  set menús <booleano>

Sintaxis:  set monitor <booleano>

Sintaxis:  set mouse rasmol
           set mouse insight
           set mouse quanta

Sintaxis:  set picking <booleano>
           set picking off
           set picking none
           set picking ident
           set picking distance
           set picking monitor
           set picking angle
           set picking torsion
           set picking label
           set picking centre
           set picking center
           set picking coord
           set picking bond
           set picking atom
           set picking group
           set picking chain
 

Sintaxis:  set radius {<valor>}

Sintaxis:  set shadepower {<valor>}

Sintaxis:  set shadow <booleano>

Sintaxis:  set slabmode <parámetro>

Sintaxis:  set solvent <booleano>

Sintaxis:  set specular <booleano>

Sintaxis:  set specpower {<valor>}

Sintaxis:  set ssbonds backbone
           set ssbonds sidechain

Sintaxis:  set stereo <booleano>
         set stereo [-] <número>

Sintaxis:  set strands {<valor>}

Sintaxis:  set transparent <booleano>

Sintaxis:  set unitcell <booleano>

Sintaxis:  set vectps <booleano>

Sintaxis:  set write <booleano>

Ejemplos:    backbone and not helix
             within( 8.0, ser70 )
             not (hydrogen or hetero)
             not *.FE and hetero
             8, 12, 16, 20-28
             arg, his, lys

    Expresión      Interpretación

    *               Todos los átomos
    cys             átomos de cisteínas
    hoh             átomos heterogéneos o moléculas de agua
    as?             átomos de asparagina o ácido aspártico
    *120            átomos en el residuo 120 de todas las cadenas
    *p              átomos en la cadena P
    *.n?            átomos de nitrogeno
    cys.sg          átomos de azufre en residuos de cisteina
    ser70.c?        átomos de carbono en la serina 70
    hem*p.fe        átomos de hierro en los grupos hemo de la cadena P
    *.*;A           Todos los átomos en comformación alternativa A
    */4             Todos átomos del modelo 4

Elemplos:    resno < 23
             temperature >= 900
             atomno == 487

    AT              Acidic          Acyclic
    Aliphatic       Alpha           Amino
    Aromatic        Backbone        Basic
    Bonded          Buried          CG
    Charged         Cyclic          Cystine
    Helix           Hetero          Hydrogen
    Hydrophobic     Ions            Large
    Ligand          Medium          Neutral
    Nucleic         Polar           Protein
    Purine          Pyrimidine      Selected
    Sheet           Sidechain       Small
    Solvent         Surface         Turn
    Water